【保存版】不動産売却にかかる税金はいくら？損をしない計算方法と控除一覧

「不動産を売却すると、税金がいくら引かれるのか不安」と、悩んでいる方は多いのではないでしょうか。税金の仕組みは複雑で、特例や控除の存在を知らずに、結果として多く納税してしまうケースは少なくありません。

本記事では、売却時にかかる税金の種類から、譲渡所得税の具体的な計算ステップまでを分かりやすく解説します。この記事を読めば、手元に最大限の金額を残すための正しい不動産の売却戦略が分かります。

不動産売却にかかる税金の種類

不動産を売却する際には、大きく4種類の税金が発生します。それぞれ「いつ」「何に対して」かかるのかを事前に把握しておくと、資金計画が立てやすくなります。

税金の種類	課税のタイミング	課税対象
印紙税	契約締結時	売買契約書
登録免許税	登録手続き時	抵当権抹消・所有権移転
消費税（仲介手数料）	契約時	仲介手数料
譲渡所得税・住民税	売却益が発生した場合	売却によって得た利益

それぞれの税金について、詳しく見ていきましょう。

印紙税

印紙税とは、売買契約書を作成する際に納める税金です。契約書に収入印紙を貼り、消印することで納税します。

税額は売買代金によって段階的に変わります。例えば1,000万円超～5,000万円以下の契約書では、本則2万円のところ軽減措置により1万円となります（軽減措置は2027年3月31日まで延長）。

売主・買主がそれぞれ契約書を1通ずつ保管する場合は、双方が印紙税を負担するのが一般的です。

登録免許税

登録免許税とは、不動産登記手続きにかかる税金です。売主が負担することが多いのは抵当権抹消登記にかかる税金で、不動産1個につき原則1,000円です。所有権移転登記の登録免許税は通常買主が負担しますが、売買契約で負担を変更できる場合があります。

抵当権とは、住宅ローンの担保として金融機関が設定する権利のことです。ローンが残っている物件を売却する際は、完済後に必ず抵当権を抹消する手続きが必要です。

手続きは司法書士に依頼するのが一般的で、登録免許税とは別に報酬（相場：1～3万円程度）も発生します。

仲介手数料にかかる消費税

不動産会社に売却を依頼した場合、成約時の仲介手数料に10%の消費税がかかります。

仲介手数料の上限は宅地建物取引業法（宅建業法）により、売買価格が400万円を超える場合は「売買価格×3%＋6万円（税抜）」と定められています。例えば3,000万円の物件であれば上限は96万円（税抜）で、消費税を含めると105万6,000円となります。

なお、低廉な空き家等（売買価格800万円以下）の取引では、特例として仲介手数料の上限が最大33万円（税込）となる場合があります。

譲渡所得税・住民税

譲渡所得税とは、不動産の売却で得た利益（譲渡所得）に対してかかる税金の総称です。正確には「所得税」「復興特別所得税（所得税額の2.1%）」「住民税」の3つで構成されています。

4種類の税金の中で金額が大きくなりやすく、物件の購入時期や所有期間によって税率が異なります。また、一定の要件を満たせば控除や特例を活用できるため、知識の有無で納税額に大きな差が生まれます。

なお、住民税は所得税と異なり、売却した翌年に課税される点に注意が必要です。所得税は確定申告時（翌年3月15日）に納付しますが、住民税は翌年6月以降に自治体から届く納付書で支払います。売却の翌年に突然まとまった住民税が発生するため、資金計画に組み込んでおくことが大切です。

譲渡所得税の計算ステップ

譲渡所得税は「売却益（譲渡所得）」に対してかかります。まずは課税対象となる利益をどう計算するか、その仕組みを理解しましょう。

計算式は以下のとおりです。

課税譲渡所得＝譲渡収入金額－取得費－譲渡費用－特別控除（3,000万円など）

譲渡収入金額とは

譲渡収入金額とは、不動産を売却して受け取った代金の合計額です。売買契約書に記載された売却価格がそのまま該当します。

固定資産税の精算金は、売買代金の一部として譲渡収入に含めて計算するケースが一般的です。

取得費に含まれるもの

取得費とは、その不動産をもともと購入した際にかかったコストの合計です。主に以下の費用が含まれます。

項目	内容
購入代金	土地・建物の購入価格
購入時の諸費用	仲介手数料・登記費用・印紙税など
建物の減価償却費	使用年数に応じて控除される金額
リフォーム費用	資本的支出（価値を高める改修）のみ

注意点として、建物部分は「減価償却費相当額」を差し引いた金額が取得費になります。つまり、購入価格がそのまま使えるわけではありません。

また、購入時の書類が見当たらず取得費が不明な場合は、「売却価格の5%」を取得費とみなす概算取得費を使えます。ただし、実際の取得費より低くなるケースがほとんどのため、できる限り当時の資料を探すことをおすすめします。

譲渡費用に含まれるもの

譲渡費用とは、売却するために直接かかった費用のことです。以下が代表的な項目です。

・不動産会社への仲介手数料
・売買契約書に貼付した印紙税
・建物の取り壊し費用（更地にして売却した場合）
・測量費・境界確定費用

一方で、引っ越し費用や修繕費（日常的な維持管理の範囲）は譲渡費用に含められないため、混同しないよう注意しましょう。

所有期間で変わる税率の違い

譲渡所得税の税率は、売却した不動産の所有期間によって大きく異なります。所有期間が長いほど税率が下がる仕組みになっており、売却のタイミング次第で納税額に大きな差が生じます。

短期譲渡（5年以下）

所有期間が5年以下の場合は「短期譲渡所得」として扱われ、税率は39.63%（所得税30%＋復興特別所得税0.63%＋住民税9%）です。

高い税率が設定されている理由は、短期間での転売による投機的な取引を抑制するためです。例えば課税される譲渡所得が1,000万円の場合、短期譲渡では約396万円もの税金が発生します。

購入から間もない時期の売却は、税負担が重くなります。やむを得ない事情がある場合を除き、短期での売却は慎重に検討しましょう。

長期譲渡（5年超）

所有期間が5年を超えると「長期譲渡所得」となり、税率は20.315%（所得税15%＋復興特別所得税0.315%＋住民税5%）まで下がります。

同じく課税される譲渡所得1,000万円でも、長期譲渡であれば納税額は約203万円です。短期と比べておよそ193万円もの差が生まれる計算になります。

区分	所要時間	所得税	住民税	合計税率
短期譲渡所得	5年以下	30.63％	9％	39.63％
長期譲渡所得	5年超	15.315％	5％	20.315％

※復興特別所得税（所得税額の2.1%）を含む

なお、10年超所有したマイホームを売却する場合は、さらに軽減された税率（6,000万円以下の部分は所得税、復興特別所得及び住民税を合わせて14.21%）が適用される特例もあります。

所有期間のカウント方法

所有期間は「売却した年の1月1日時点」で5年を超えているかどうかで判定します。実際の保有日数ではない点が、誤解されやすいポイントです。

例えば、2020年3月に購入した物件を2025年4月に売却した場合で考えてみましょう。

実際の保有期間は約5年1カ月ですが、2025年1月1日時点では4年10カ月しか経過していません。そのため「短期譲渡」として39.63%の税率が適用されます。

一方、同じ物件を2026年1月以降に売却すれば、2026年1月1日時点で5年超となり「長期譲渡」として20.315%が適用されます。

わずか数カ月の違いで税率が約2倍変わるため、売却を急いでいない場合は年をまたいだ引き渡しを検討する価値があります。不動産会社や税理士に相談しながら、売却スケジュールを慎重に組み立てましょう。

損をしない控除と特例

不動産売却では、要件を満たせば税負担を大幅に減らせる控除や特例が複数あります。知っているかどうかで、手元に残る金額が数百万円単位で変わることもあります。

マイホームの3,000万円特別控除

自宅（居住用財産）を売却した場合、譲渡所得から最大3,000万円を控除できる制度です。所有期間の長短を問わず適用でき、利用頻度の高い特例の一つです。

要件	内容
移住実績	現在住んでいる、または過去に住んでいた家屋であること
売却相手	配偶者や親子など特別な関係者への売却でないこと
適用間隔	前年・前々年にこの特例を受けていないこと

例えば、譲渡所得が2,500万円であれば、この特例を適用することで課税所得はゼロになります。

なお、住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売却する必要があります。空き家になってから時間が経つほど適用できなくなるため、早めの売却判断が重要です。

マイホームの10年超所有軽減税率

マイホームを10年超所有した上で売却する場合、3,000万円特別控除を適用した後の残額に対して、通常より低い軽減税率が適用されます。

課税譲渡所得の区分	通常の長期譲渡税率	軽減税率
6,000万円以下の部分	20.315%	14.21%
6,000万円超の部分	20.315%	20.315%

3,000万円特別控除と併用できるため、課税される譲渡所得が大きい場合に特に効果を発揮します。所有期間は前述のとおり「売却年の1月1日時点」で、10年超かどうかを判定します。

特定の居住用財産の買換え特例

自宅を売却して新たな自宅に買い換える場合、一定の要件を満たすと売却益への課税を将来に繰り延べられる特例です。

課税が「免除」されるわけではなく、新しい物件を将来売却する際に課税されます。ただし、手元のキャッシュフローを確保しながら住み替えを進められる点が大きなメリットです。

主な要件として、売却価格が1億円以下であること、売却した年の前年から翌年末までに新居を取得・居住することなどが挙げられます。3,000万円特別控除や軽減税率との併用はできないため、どちらが有利かシミュレーションした上で選択しましょう。

譲渡損失の繰越控除

不動産の売却で損失が出た場合、その損失を翌年以降最大3年間にわたってほかの所得と相殺（損益通算）できる制度です。

対象となるのは主に以下の2種類です。

①特定居住用財産の譲渡損失

住宅ローンが残っている自宅を売却し、売却価格がローン残高を下回るなどの一定要件を満たして損失が出た場合に適用できます。給与所得などほかの所得と損益通算でき、控除しきれなかった損失は3年間繰り越せます。

②居住用財産の買換えに係る譲渡損失

自宅を売却して新たな住宅に買い換えた際に損失が生じた場合に適用できます。一定の住宅ローン残高要件はありませんが、新居の取得が条件です。

売却益が出た場合だけでなく、損失が出た場合も税制上の手当てがあることを覚えておきましょう。いずれの特例も確定申告が必須です。

確定申告と納税のタイミング

不動産売却後は、税金の申告と納付を自分で行う必要があります。期限を過ぎると加算税や延滞税が発生するため、スケジュールを事前に把握しておきましょう。

確定申告の時期と書類

確定申告の期間は、売却した翌年の2月16日～3月15日です。譲渡所得が発生した場合はもちろん、3,000万円特別控除などの特例を利用する場合も申告が必要です。

損失が出た場合でも、繰越控除の適用を受けるためには申告が必要な点を見落としがちです。「損が出たから申告不要」と判断するのは危険です。

納税の時期と支払い方法

所得税の納付期限は、確定申告期間の最終日と同じ3月15日です。住民税は申告内容をもとに自治体が計算し、翌年6月以降に納付書が届きます。

支払い方法は、金融機関やコンビニでの現金納付のほか、e-Taxを使ったダイレクト納付やクレジットカード払いにも対応しています。

譲渡所得税は金額が大きくなりやすいため、売却代金の一部を納税資金として確保しておくことが重要です。売却後に「思ったより税金が高かった」と慌てないよう、事前にシミュレーションしておきましょう。

不動産売却時には税金をシミュレーションしよう

不動産売却にかかる税金は、印紙税・登録免許税・消費税・譲渡所得税の4種類です。中でも譲渡所得税は所有期間によって税率が大きく変わる上、3,000万円特別控除などの特例を活用することで、納税額を抑えられます。

売却前に税額をシミュレーションし、最適なタイミングと特例の組み合わせを検討することが、手元に残る金額を最大化する上で欠かせません。

セレ コーポレーションは、首都圏でのアパート建築・土地活用を専門としています。土地有効活用のコンサルティングから不動産の売買・賃貸借、プロパティマネジメントまで、不動産に関するあらゆるサポートをワンストップで提供しています。

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大原簿記学校にて日商簿記検定の受験指導に従事した後、EY税理士法人に入社。上場会社・オーナー企業の税務顧問業務や株価算定業務に携わる。その後、相続税業務を中心に、5千万円～10億円規模の相続税申告や生前対策に従事。転職後は、連結納税を含む上場企業の税務申告対応や組織再編スキームの提案・申告実務に携わり、法人税務の専門性を深める。
現在はアカウンティングフォース税理士法人にて相続部の責任者を務め、相続税・贈与税・譲渡所得税の申告業務を中心に、上場企業・中小企業の税務顧問、組織再編の提案・申告対応、財務デューデリジェンス、株価算定、社内研修の実施など幅広く活動している。相続業務においては弁護士・司法書士・不動産鑑定士と協業したワンストップ対応を実現。税務通信への寄稿や保険会社主催セミナーでの登壇実績もある。